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研究通过免疫肽组学和RNA测序，从5例卵巢癌患者的肿瘤样本中鉴定出311个隐秘肽段，其中70%能够激活自体CD8+ T细胞，表现出显著的免疫原性。研究还发现，这些肽段在其他癌症类型中也有一定的共享性，表明它们可能是一个丰富的免疫治疗靶点来源。这些发现为开发针对卵巢癌的个性化免疫疗法提供了新的方向。

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该研究使用揭示了FXR-RXRα与SRC1相互作用的分子机制，提出了首/个包含FXR-RXRα-DNA和SRC1-NRID的多域复合物模型。研究结果不仅为理解核受体复合物的动态调控机制提供了新的视角，还为代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）和代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的治疗提供了新的思路。

Soluble HLA（sHLA）是一种可溶性的人类白细胞抗原分子，与细胞膜上的膜结合型HLA（mHLA）不同，sHLA以可溶形式存在于血液等体液中, sHLA本身可作为免疫调节、疾病标志物。sHLA免疫肽是指与sHLA分子结合的肽段，这些肽段通常来源于细胞内的蛋白质降解产物，包括正常细胞蛋白和肿瘤相关蛋白。

胶质母细胞瘤（GBM）是一种恶性程度极高的脑肿瘤，属于胶质细胞瘤的一种（起源于神经胶质细胞，如星形胶质细胞、少突胶质细胞等）。它占所有原发性脑肿瘤的15%~20%左右，好发于中老年人群（平均发病年龄约 64 岁左右），男性发病率略高于女性，其高侵袭性、异质性和治疗耐药性导致预后极差。目前治疗以多模式综合治疗为主，随着医学技术的不断发展，一些针对分子机制的精准治疗（如新抗原多肽疫苗，免疫疗法等）有望为患者带来新的希望。

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DIA免疫肽组学则是结合了DIA技术与免疫肽组学研究的领域，主要研究细胞在抗原呈递过程中，由MHC I类和II类分子呈递的全部多肽。DIA技术在免疫肽组学中的应用，能够无遗漏地采集样本中所有离子的碎片信息，从而实现对MHC呈递肽段的全面、高灵敏度检测。这种方法特别适用于比较或差异免疫肽组学研究，能够提高肽段的重现性和定量准确性。

在哺乳动物体内，适应性免疫（adaptive immunity）是一个进化过程中保守的生化过程。其中，某些蛋白质中的多肽片段通过抗原处理及呈递系统（antigen processing and presentation system, APP）被表达在细胞表面，而从被CD8+ T细胞识别，

2025年，在JACS Au (IF 8.6)上发表的“Decoding Protein Glycosylation by an Integrative Mass Spectrometry-Based De Novo Sequencing Strategy”阐述了一种基于质谱鉴定未知糖蛋白的方法，其特点是糖基释放介导的从头测序与糖基化位点表征相结合。作者利用N-/O-糖的去糖基化实现了全面的序列覆盖，结合EThcD片段化能够鉴定高质量的长肽，进一步促进精确的蛋白质组装。研究者进一步将该方法应用于复杂糖基化融合蛋白依那西普（Enbrel）及三种序列未知的新型肿瘤坏死因子受体：Fc融合生物制剂的从头测序，揭示了一级序列的细微差异。此外，在亚基、糖肽和聚糖水平表征了这些蛋白质的N和O糖基化修饰。该策略弥合了从头测序和糖基化修饰之间的差距，提供了有关糖蛋白一级结构和糖基化修饰的全面信息。该方法是糖蛋白准确测序的可靠解决方案，不仅在基础研究中具有实用价值，而且在生物制药行业也具有实用价值。

DeepSeek（中文名：深度求索）是一款由杭州深度求索人工智能基础技术研究有限公司开发的人工智能模型。它的英文名“DeepSeek”可以读作“深思”（Deep）和“探索”（Seek），寓意着通过深度学习技术探索未知的领域。它能够理解和生成自然语言，适用于回答问题、撰写文章等多种用途。

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蛋白质糖基化是一种关键的翻译后修饰（PTM），介导多种生物功能。异常糖基化与炎症和肿瘤等疾病密切相关。因此，糖基化是发现疾病相关生物标志物的重要靶点。糖基化具有宏观异质性（糖基化发生在不同位点）和微观异质性（每个位点有不同的糖型和结构），因此，相比于切糖分析，完整的糖肽分析能够揭示蛋白层面上的糖基化信息，这是糖蛋白组学具有挑战性的一项工作。通过质谱对糖肽进行完整表征已被证明是位点特异性糖蛋白组学分析和生物标志物筛选的通用工具。

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水平基因转移在所有生命领域中都已发生，并对原核生物和真核生物的进化做出了重要贡献。以前的研究表明，许多水平转移的真核基因为细菌受体提供了选择性优势，但这些真核基因如何进化成功能性细菌基因尚不清楚，尤其是细菌如何克服由真核内含子引起的表达障碍。 

抗体发现是生物医药领域中的关键环节，它使得我们能够识别和制备针对特定疾病靶点的高特异性和高亲和力抗体，这对于开发新的治疗方法、诊断工具以及疫苗至关重要。抗体的精准发现不仅能够提高治疗效果，降低副作用，还能加速新药的研发进程，对改善人类健康和对抗疾病具有重大意义。