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DIA免疫肽组学则是结合了DIA技术与免疫肽组学研究的领域，主要研究细胞在抗原呈递过程中，由MHC I类和II类分子呈递的全部多肽。DIA技术在免疫肽组学中的应用，能够无遗漏地采集样本中所有离子的碎片信息，从而实现对MHC呈递肽段的全面、高灵敏度检测。这种方法特别适用于比较或差异免疫肽组学研究，能够提高肽段的重现性和定量准确性。

在哺乳动物体内，适应性免疫（adaptive immunity）是一个进化过程中保守的生化过程。其中，某些蛋白质中的多肽片段通过抗原处理及呈递系统（antigen processing and presentation system, APP）被表达在细胞表面，而从被CD8+ T细胞识别，

2025年，在JACS Au (IF 8.6)上发表的“Decoding Protein Glycosylation by an Integrative Mass Spectrometry-Based De Novo Sequencing Strategy”阐述了一种基于质谱鉴定未知糖蛋白的方法，其特点是糖基释放介导的从头测序与糖基化位点表征相结合。作者利用N-/O-糖的去糖基化实现了全面的序列覆盖，结合EThcD片段化能够鉴定高质量的长肽，进一步促进精确的蛋白质组装。研究者进一步将该方法应用于复杂糖基化融合蛋白依那西普（Enbrel）及三种序列未知的新型肿瘤坏死因子受体：Fc融合生物制剂的从头测序，揭示了一级序列的细微差异。此外，在亚基、糖肽和聚糖水平表征了这些蛋白质的N和O糖基化修饰。该策略弥合了从头测序和糖基化修饰之间的差距，提供了有关糖蛋白一级结构和糖基化修饰的全面信息。该方法是糖蛋白准确测序的可靠解决方案，不仅在基础研究中具有实用价值，而且在生物制药行业也具有实用价值。

DeepSeek（中文名：深度求索）是一款由杭州深度求索人工智能基础技术研究有限公司开发的人工智能模型。它的英文名“DeepSeek”可以读作“深思”（Deep）和“探索”（Seek），寓意着通过深度学习技术探索未知的领域。它能够理解和生成自然语言，适用于回答问题、撰写文章等多种用途。

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蛋白质糖基化是一种关键的翻译后修饰（PTM），介导多种生物功能。异常糖基化与炎症和肿瘤等疾病密切相关。因此，糖基化是发现疾病相关生物标志物的重要靶点。糖基化具有宏观异质性（糖基化发生在不同位点）和微观异质性（每个位点有不同的糖型和结构），因此，相比于切糖分析，完整的糖肽分析能够揭示蛋白层面上的糖基化信息，这是糖蛋白组学具有挑战性的一项工作。通过质谱对糖肽进行完整表征已被证明是位点特异性糖蛋白组学分析和生物标志物筛选的通用工具。

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开工大吉丨百蓁生物与您共赴新征程

水平基因转移在所有生命领域中都已发生，并对原核生物和真核生物的进化做出了重要贡献。以前的研究表明，许多水平转移的真核基因为细菌受体提供了选择性优势，但这些真核基因如何进化成功能性细菌基因尚不清楚，尤其是细菌如何克服由真核内含子引起的表达障碍。 

抗体发现是生物医药领域中的关键环节，它使得我们能够识别和制备针对特定疾病靶点的高特异性和高亲和力抗体，这对于开发新的治疗方法、诊断工具以及疫苗至关重要。抗体的精准发现不仅能够提高治疗效果，降低副作用，还能加速新药的研发进程，对改善人类健康和对抗疾病具有重大意义。

AI驱动质谱技术，聚焦精准医疗 加拿大滑铁卢大学教授、加拿大皇家学会院士、百蓁生物&BSI公司创始人、π-HuB计划的核心科学家李明院士是研究 Kolmogorov复杂性的世界权威专家，在研究机器学习，自然语言处理，算法平均复杂度，信息距离和生物信息学等方面解决了多个几十年未解难题，并于今年因“在现代信息论和生物信息学的开创性和突出贡献”获得2024 W. Wallace McDowell Award，该奖是IEEE计算机协会颁发的最高技术奖。 李明院士团队积极参与π-Hub的大科学计划，BSI在2022年坎昆的HUPO大会的人体导航计划启动会上签署谅解备忘录，表示愿意加入这一伟大的努力。我们自2017 年，首次将基于卷积神经网络的深度学习技术引入肽段从头测序，开发了DeepNovo 计算模型，并广泛应用在抗体测序，蛋白质组学，免疫多肽组学等多个领域。经过24年在质谱数据分析算法领域的深耕，公司旗下的PEAKS®️系列软件已成长为蛋白质质谱数据分析领域公认的标杆产品，在全世界拥有数千家学术和工业用户，并作为工具被5000多篇论文引用。 2020年，李明院士团队首创基于质谱的抗体和新抗原从头测序技术落地中国，创立了BSI在中国的分公司百蓁生物，致力于构建免疫组学中心，推进抗体和新抗原在肿瘤和自身免疫治疗中的应用。利用AI驱动质谱技术，推动精准医疗的企业目标，也与π-Hub大计划不谋而合。自成立以来，BSI/百蓁生物完成了肿瘤新生抗原发现的全新工作流程，开发了基于人工智能算法的DeepImmu一站式解决方案，从样本处理、新抗原发现到新抗原验证，助力肿瘤免疫治疗研发。同时,开发的NeoDiscoveryTM HLA-I型免疫肽富集试剂盒在2023年第九届上交会获得“优秀生物医药项目奖”。并于2024年推出了多克隆抗体发现的自动化平台PolySeq.AI，加速免疫治疗解决方案的建立。

研究样本均为病人离世后72小时内收集的良性实体组织样本和血液样品，并由认证病理学家注释，随后在液氮中快速冷冻并储存在-80°C，用于分离外周血单个核细胞（PBMCs），使用EBV转化的人类B细胞系JY（表达HLA-A*02，HLA-B*07，HLA-C*07），在含有10%胎牛血清和1%青霉素/链霉素的RPMI1640培养基中培养。之后使用特定的单克隆抗体免疫分离HLA I和HLA II分子呈递的肽段。使用Bruker的timsTOF Pro设备，结合了离子淌度（TIMS）和平行积累-串联碎片化（PASEF）技术，以及时间飞行（TOF）质谱仪获取TOFIMS质谱数据，使用Thermo Fisher Scientific的Ultimate 3000 RSLC Nano UHPLC系统进行肽段分离获取Orbitrap质谱数据，对质谱数据，使用PEAKS® Studio软件搜索人类UniProt（20385个条目）数据库，酶特异性设置为无，质量误差容忍度为5 ppm（Orbitrap MS数据）或20 ppm（TOFIMS数据），碎片离子为0.02 Da。对用于免疫肽组学分析的同一快冻肿瘤组织进行测序，以识别肿瘤特异性突变。

文章标题为"免疫肽组学在细菌抗原鉴定中的有效性"，作者基于质谱的免疫肽组学筛查了感染小鼠脾脏中呈递的李斯特菌免疫肽，并通过实验验证了这些肽中VTYNYINI激活CD8+ T细胞的能力，揭示了其作为一种新的李斯特菌CD8+ T细胞表位的...

本研究首先通过质谱法验证了KRAS G12V新抗原的表达和呈递及其与HLA-A*11:01的结合。通过四聚体染色实验、ELISPOT实验，以及用KRAS G12V mRNA疫苗处理HLA-A*11:01小鼠，证实了KRAS G12V mRNA疫苗可以诱导抗原特异性的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)。随后，作者报告了2例接受KRASG12VmRNA疫苗和pd-1抑制剂联合治疗的病例的临床疗效。通过体外PBMC刺激和患者KRAS G12V特异性T细胞检测，ICS实验，TCR测序，四聚体染色实验，肽脉冲和共培养实验，进一步研究了与联合治疗相关的免疫应答。百蓁生物为本研究提供了新抗原质谱检测与分析服务。HLA肽的富集由百蓁生物商业化的新抗原样品制备试剂盒完成，质谱数据的分析工作由PEAKS® Online软件（版本11）的DeepNovo®免疫肽组工作流完成。

BSI &百蓁生物创始人李明院士受邀参加2024大湾区科学论坛“大科学计划与国际合作”分论坛暨π-HuB计划全球峰会

百蓁生物提供DeepImmu新抗原一站式解决方案，从样本处理、新抗原发现到新抗原验证，助力免疫治疗研发。

百蓁生物作为是一家以AI驱动质谱技术、聚焦精准医疗的生物科技公司，我们不断深入优化完整糖肽质谱分析技术，采用特有的PEAKS®️ GlycanFinder分析软件，提供对复杂样品的完整糖肽进行鉴定和相对定量分析服务。

百蓁生物作为是一家以AI驱动质谱技术、聚焦精准医疗的生物科技公司，我们不断深入优化完整糖肽质谱分析技术，采用特有的PEAKS GlycanFinder分析软件，提供对复杂样品的完整糖肽进行鉴定和相对定量分析服务。

尊敬的老师: 中秋假期即将到来，百蓁生物预祝大家度过一个愉快的假期。 百蓁生物假期不打烊，正常收样，详情请咨询百蓁生物当地销售~ 再次诚挚地祝愿各位老师阖家欢乐，幸福美满!

免疫肽组是指有核细胞在参与抗原呈递途径中的 MHC I 类或 II 类蛋白质复合物上呈递的全部多肽。通过对免疫肽的定性定量分析，能够帮助发现个性化癌症免疫治疗的靶点，有助于开发新的mRNA/ 多肽疫苗等免疫疗法。 NeoDiscovery™ HLA-I 型免疫肽富集试剂盒可以从细胞、组织以及血浆中高效特异性地提取富集人源 HLA-I 型复合物，并分离得到可以直接进行质谱分析的免疫肽段，满足了免疫肽组以及新抗原发现等各种应用场景的前处理要求。